Ich hab mal ein bisschen gelesen und wenn ich mich entscheiden müsste, würde ich Inno DB nehmen.

Allerdings soll MyISAM besser für Anfänger geeignet sein und schneller beim lesen (info evtl. veraltet. InnoDB kann anscheinend genauso schnell wenn man es richtig einstellt) was sozusagen die Hauptaufgabe eines Wikis ist.

Außerdem kann MyISAM bei einem Crash keine recovery machen was InnoDB schon kann. Hab das aber nur kurz überflogen und da ich von Haus aus nicht so der DB Freak bin würde ich noch andere Meinungen abwarten. ;)

https://stackoverflow.com/questions/15678406/when-to-use-myisam-and-innodb